تبلغ مساحة المسجد الأقصى المبارك 144 ألف متر مربع (أي ما يعادل نحو سدس البلدة القديمة)، وتبلغ أطوال جداره 491م في جهته الغربية، و462م في جهته الشرقية، و310م في جهته الشمالية، و281م في جهته الجنوبية.
الثابت في الحديث الشريف أن المسجد الأقصى المبارك هو ثاني وضع في الأرض وذلك بعد المسجد الحرام بأربعين سنة، مما يدل على أنه لم يقم قبله كنيس ولا هيكل ولا أي مبنى لعبادة غير الله. ويرجح أن يكون آدم عليه السلام هو أول من بناه، وعمره بعده النبيون، ومنهم إبراهيم عليه السلام، الذي جدد أيضا بناء المسجد الحرام، ومنهم أيضا سليمان عليه السلام، الذي جدد بناء المسجد الأقصى المبارك ودعا لمن صلى فيه.
وبعد الفتح الإسلامي للقدس عام 636م، (الموافق 15 للهجرة)، بنى عمر بن الخطاب رضي الله عنه جامعا في صدر المسجد الأقصى المبارك في موضع يعتقد أنه نفس الموضع الذي يقوم عليه الآن الجامع القبلي (المصلى الرئيسي في المسجد الأقصى المبارك). وفي عهد الأمويين، بنيت قبة الصخرة، كما بني الجامع القبلي، واستغرق هذا كله قرابة 30 عاما من 66 هجرية/ 685 ميلادية - 96 هجرية/715 ميلادية. وفي العهود اللاحقة، اعتنى المسلمون بإعمار المسجد الأقصى المبارك، وترميمه، والبناء فيه حتى اكتمل بشكله الحالي.